Le 16 janvier 2016, le défenseur central fit sa première apparition chez les pros lors d’une rencontre face aux Troyens. Mais il sera titularisé la première fois grâce à un certain Philippe Montanier, lors d’un seizième de finale perdu contre la modeste équipe de Bourg-en-Bresse Péronnas.
Le 1er juillet 2016, le jeune joueur signe son premier contrat professionnel. Il deviendra vite incontournable, un « titulaire régulier en équipe première pendant deux saisons ». « Nous sommes très heureux du retour de Joris, quasiment un an après son départ. C’est un enfant de la maison, issu du centre de formation, un amoureux du Stade Rennais », précise le président Olivier Létang.
Formé par Julien Stéphan, l’entraîneur actuel des Rouge et Noir, Joris Gnagnon est très heureux de retrouver son club formateur. « Ce retour en prêt était la meilleure option possible. La saison dernière a été exceptionnelle et historique. Le club a grandi. Ce retour à la maison est l’occasion pour moi de lui rendre ce qu’il m’a apporté. »
A Séville, Joris Gnagnon avait été vendu 15 millions d’euros l’an dernier. Mais dans son nouveau club, Gnagnon a été blessé pendant deux mois. Il a disputé uniquement 16 matches l’an dernier, dont 7 en Liga, 3 en Coupe du Roi et 6 en Ligue Europa. Le Stade Rennaise actuellement leader du championnat, pourra compter sur lui.